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1、成分不同

益生菌是有生物活性的細菌，對人和動物有益，以雙歧桿菌為代表。

益生元主要是無生物活性的糖類物質，是不能直接被宿主消化吸收，而是維持益生菌的“養料”，能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。

2、作用方式不同

益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。

益生菌有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。

3、受胃酸環境的影響不同

在胃部強酸性的環境下，益生菌作為添加的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效；而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。

4、生產和保存條件不同

益生菌菌株存活環境要求較高，對生產和包裝工藝都有很高標準要求，益生菌的載體最好是片劑、膠囊和粉末，且必須低溫冷藏保存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。如乳酸製品中的益生菌，一般保質期在1個月內，冷藏溫度控制在2~10℃左右。